گرومکس یک مجموعه ی نرم افزاری یا به عبارت دیگر یک موتور (Engine)، جهت انجام شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی و کمینه‌سازی انرژی می‌باشد. این مجموعه‌ی نرم افزاری در شیمی ِ محاسباتی و مدل سازی ِ مولکولی نقش مهمی ایفا می‌کند.

 از ویژگی‌های این نرم افزار:

1)  شبیه‌سازی‌ها بر پایه‌ی دینامیک کلاسیک‌اند.

2)  الکترون‌ها در حالت پایه‌ی خود قرار دارند.

3)  میدان‌های نیرو تقریبی‌اند.

4)  در برهم کنش‌های بلندبرد از بُرش (cut off) استفاده می‌شود.

5)  از شرایط مرزی دوره‌ای PBC استفاده می‌شود.

در شبیه‌سازی با گرومکس ابتدا یک پی دی بی فایل (pdb.) را که بیانگر موقعیت اولیه‌ی اتم‌ها‌ی مولکول مورد نظر است فراهم کرده (از pdb data bank دانلود می‌کنیم، و یا با استفاده از برخی ابزار‌ها ، همچون C++ در صورت آشنایی کافی، آن فایل را می‌سازیم)، سپس با استفاده از دستوراتی در گرومکس می‌توانیم مولکول مورد نظر را در صورت نیاز در حلال دلخواه خود حل نموده و یا حتی یونهایی را نیز به آن اضافه یا  از آن کم کنیم. تمام پارامتر‌های فیزیکی نظیر دما و فشار و … را نیز می‌توان در حین فرایند کنترل کرد. پس از طی این مراحل اولیه می‌توان با انتخاب آنسامبل مورد نظر کار شبیه‌سازی را به انجام رسانده و آنالیزهای مورد نیاز از بابت نوع توزیع یون‌ها در محلول و نوع رفتار هر یک از یون‌ها، شعاع میانگین، انرژی و سایر پارامتر‌های فیزیکی ِ مورد نیاز را بدست آورد.

شبیه‌سازی‌ها در گرومکس در ابعاد بسیار کوچک (nm) و برای بازه های زمانی بسیار کوتاه (ps) می‌باشد.