آموزش نصب کد GROMACS

گرومکس مخفف عبارت Groningen Machine for Chemical Simulations یک بسته نرم افزاری متن باز (Open Source) یا به عبارت دیگر یک موتور (Engine) بر پایه فیزیک کلاسیک و تحت لینوکس است که با هدف انجام شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی و کمینه‌سازی انرژی بر پایه محاسبات موازی توسعه یافته است. این مجموعه‌ی نرم افزاری در شیمی محاسباتی و مدل سازی مولکولی نقش مهمی ایفا می‌کند. از ویژگی‌های این نرم افزار می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

۱. شبیه‌سازی‌ها بر پایه‌ی دینامیک کلاسیک‌اند.
۲. الکترون‌ها در حالت پایه‌ی خود قرار دارند.
۳. میدان‌های نیرو تقریبی‌اند.
۴. در برهم کنش‌های بلندبرد از بُرش (cut off) استفاده می‌شود.
۵. از شرایط مرزی دوره‌ای PBC استفاده می‌شود.

در این بخش میخوایم طریق نصب این کد رو در سیستم عامل لینوکس آموزش بدیم. در ابتدا یه سری پیش نیاز وجود داره که می بایست اون ها رو نصب کنید. اولین پیش نیاز یک کامپایلر c یا c++  هستش که با دستور زیر می تونید اون رو نصب کنید:

# sudo apt-get update
# sudo apt-get upgrade
# sudo apt-get build-essential

برنامه دیگه ای که باید نصب بشه cmake هستش. برای نصب این برنامه دستور زیر رو اجرا کنید:

# sudo apt-get install cmake

بعد از این شما باید فایل برنامه GROMACS رو از اینجا دانلود کنید و در محلی که این فایل رو دانلود کردید یک پنجره ترمینال باز کنید و دستور زیر رو اجرا کنید:

# tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz
# cd gromacs-5.0.7
# mkdir build
# cd build
# cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
# make
# make check
# sudo make install

بعد از این کار باید خط زیر رو به انتهای فایل .bashrc اضافه کنید:

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

برای این کار می تونید از دستور زیر استفاده کنید:

nano ~/.bashrc

بعد از اجرا این دستور فایل مورد نظر باز میشه و شما می تونید با استفاده از فلش ها به انتهای اون برید خط مورد نظر رو اضافه کنید و در انتها برای خارج شدن از فایل کلید های ctrl+x رو بزنید و بعد هم کلید y رو فشار بدید. 

تبریک می گم کد شما با موفقیت نصب شد. به همین سادگی  🙂 

 


بنده دانشجوی دکترای فیزیک ماده چگال از دانشگاه تربیت مدرس تهران هستم. حوزه مورد علاقه من فیزیک محاسباتی (به طور خاص نظریه تابعیت چگالی) و همچنین سیستم های توپولوژیک است.


پاسخ دهید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

This site is protected by wp-copyrightpro.com